Finding of a novel fungal immunomodulatory protein coding sequence in Ganoderma australe / Hallazgo de una nueva secuencia codificadora para una proteína inmunomoduladora de origen fúngico en Ganoderma australe

Among the most common human diseases with immune system compromise are autoimmune diseases, cancer, and the acquired immunodeficiency syndrome (AIDS). Many of these diseases still have no treatment or their therapies have undesirable side effects. This has aroused a great interest in the search for new natural products with therapeutic potential and scientifically proven effects, showing minimal side effects. Formal clinical and pharmacological investigation in various medicinal fungi of the genus Ganoderma (Ganodermataceae) has shown immunomodulatory effects and tumor growth inhibition in mammals, attributable to the presence of immunomodulatory proteins and other secondary metabolites. To date, six fungal immunomodulatory proteins (FIPs) have been reported in Ganoderma. This paper seeks to advance in the discovery of immunomodulatory proteins present in Ganoderma australe, through mycelium transcriptome 454 Roche® pyrosequencing (RNA-seq) and bioinformatics analyses. The results suggest the presence of gene sequences related to an immunomodulatory protein which has been reported in another fungal species Taiwanofungus camphoratus. The candidate gene sequences found in G. australe exhibit high identity values in their amino acid composition and predicted protein secondary structure with the protein reported for Tai. camphoratus. According to present knowledge about the action mechanisms of these proteins, it is possible to suggest that this is a promising molecule for the treatment and prevention of diseases associated with certain immune deficiencies, cancer, and other diseases with compromised immune systems. Future studies are proposed in order to determine its immunomodulatory potential using in vitro and in vivo assays.

Enfermedades comunes como las autoinmunes, el cáncer y el síndrome de inmunodeficiencia adquirida aún no tienen tratamiento o sus terapias tienen efectos secundarios indeseables. Ello ha suscitado el interés en la investigación de bioproductos con potencial terapéutico, que no impliquen efectos secundarios. Investigaciones farmacológicas y clínicas en algunos hongos medicinales del género Ganoderma (Ganodermataceae) han comprobado efectos inmunomoduladores e inhibidores de crecimiento tumoral en mamíferos, atribuibles a la presencia de proteínas fúngicas inmunomoduladoras (FIPs) y otros metabolitos secundarios. Este trabajo busca avanzar en el descubrimiento de proteínas inmunomoduladoras presentes en Ganoderma australe, mediante la secuenciación del transcriptoma de micelio por tecnología de pirosecuenciación 454 Roche® (RNA-seq) y análisis bioinformáticos. Los resultados sugieren la presencia de secuencias génicas relacionadas con una proteína inmunomoduladora que se ha reportado en la especie de hongos Taiwanofungus camphoratus. Las secuencias génicas candidatas halladas en G. australe exhiben una altos valores de similitud en sus predicciones de composición aminoacídica y estructura secundaria proteica con la proteína reportada para Tai. camphoratus. Los mecanismos de acción de este tipo de proteínas inmunomoduladoras sugieren que se trata de una molécula con potencial promisorio para el tratamiento y prevención de enfermedades con compromiso del sistema inmunológico y el cáncer. Se proponen nuevos estudios que permitan determinar el potencial inmunomodulador de la proteína hipotética hallada mediante estudios in vivo e in vitro.

COMPARACIÓN DE MÉTODOS CONVENCIONALES Y MOLECULARES PARA LA DETECCIÓN DE Giardia lamblia EN HECES HUMANAS / COMPARISON OF CONVENTIONAL AND MOLECULAR METHODS FOR DETECTION OF Giardia lamblia IN HUMAN FEACES

Los protozoarios del género Giardia representan algunos de los parásitos humanos más comunes en el mundo y están entre los principales causantes de infecciones gastrointestinales y enfermedades diarreicas en humanos. La detección del parásito se fundamenta generalmente en los métodos por concentración y microscopía convencional, pero estas técnicas presentan limitaciones por su baja sensibilidad e inespecificidad en el diagnóstico. En procura de mejorar los métodos de diagnóstico, las técnicas moleculares se perfilan como una alternativa promisoria. En este estudio se analizaron 88 muestras de heces provenientes de pacientes de una empresa prestadora de servicios de salud (ASSBASALUD) de la ciudad de Manizales (Caldas). Para la detección de Giardia lamblia en heces se compararon tres métodos diferentes por medio del porcentaje de positividad: los métodos convencionales de concentración de la muestra y observación microscópica, análisis por inmunoensayo (ELISA indirecto) y finalmente la amplificación de dos secuencias génicas nucleares por PCR. Se obtuvieron tres muestras positivas por concentración y microscopía convencional, dos por inmunoensayo y 26 por técnicas moleculares. El estudio sugiere que las pruebas diagnósticas rutinarias basadas en microscopía convencional e inmunoensayo, tienen más bajo porcentaje de detección de este parásito y que esta deficiencia puede ser compensada por medio de la implementación de métodos de diagnóstico molecular basados en PCR, como una estrategia complementaria de apoyo en el diagnóstico de este protozoo.

The protozoa of the genus Giardia represent one of the most common human parasites in the world and are among the main causes of gastrointestinal infections and diarrheal diseases in humans. Parasite detection is generally based on concentration and conventional microscopy methods, but these techniques have limitations due to their low sensitivity and specificity in diagnosis. In an attempt to improve the diagnostic methods, molecular techniques are emerging as a promising alternative. In this study 88 stool samples from patients of a company that provides health services (ASSBASALUD) in the city of Manizales (Caldas) were analyzed. In order to detect Giardia lamblia in stool, three different methods were compared using the positivity percent: conventional methods for concentration of the sample and microscopic observation, analysis by immunoassay (indirect ELISA) and finally the amplification of two nuclear gene sequences by PCR. Three positive samples were obtained by concentration and conventional microscopy, two by immunoassay and 26 by molecular techniques. The study suggests that routine diagnostic tests based on conventional microscopy and immunoassay have lower detection rate of this parasite and that this deficiency can be compensated by means of the implementation of molecular diagnostic methods based on PCR, as a complementary strategy to support the diagnosis of this protozoan.

CARACTERIZACIÓN MOLECULAR DE CLONES DE Theobroma cacao L, POR MEDIO DE MARCADORES MOLECULARES MICROSATÉLITES / Theobroma cacao L. CLONES MOLECULAR CHARACTERIZATION USING MOLECULAR MICROSATELLITE MARKERS

Theobroma cacao L. es la única especie del género Theobroma que se explota comercialmente en grandes extensiones, registrando en la actualidad una amplia distribución mundial, a través de programas de desarrollo directamente influenciados por factores vinculados al mercado y por los intereses de productores, comerciantes, industriales y consumidores. En este estudio se evaluaron 12 clones de cacao por medio de marcadores moleculares utilizando 10 secuencias microsatélites (SSRs), como un estudio piloto antes de un ensayo a mayor escala. Los datos se procesaron mediante el programa Power Marker Versión 3.25. Se estimaron las frecuencias alélicas y luego se generó una matriz de distancias genéticas basada en el coeficiente de Nei. Utilizando el algoritmo de agrupamiento UPGMA se generó el dendrograma correspondiente. El análisis de diversidad mostró un índice de diversidad genética total de 0,6944 considerado intermedio para los materiales evaluados. La estimación de la heterocigosidad promedio fue de 0,58579 y de promedio del contenido de información polimórfica de 0,6523. En este estudio los marcadores mTcCIR6, mTcCIR25, mTcCIR26 y mTcCIR12 son los más informativos y polimórficos. Se recomienda relacionar los resultados de diversidad genética con caracteres morfo-agronómicos y de patogenicidad en los distintos clones de cacao a fin de consolidar estrategias eficaces de mejoramiento y control de enfermedades.

Theobroma cacao L. is the only Theobroma species that is commercially exploited in enormous extensions, registering presently wide distribution worldwide through development programs directly influenced by factors linked to the market and the producers, traders, industrials, and consumers’ interests. In this study 12 cacao clones were evaluated by means of molecular markers using 10 microsatellite sequences (SSRs) as a pilot study before a test at a greater scale. The data were processed using the Power Maker Version 3.25 program. The allelic frequencies were stimated and a genetic distance matrix was developed based on the Nei coefficient. Using the UPGMA grouping algorithm the corresponding dendrogram was generated. The diversity analysis showed a total genetic diversity index of 0.6944 considered intermediate for the materials evaluated. The average heterozygocity estimate was 0.58579 and the average polymorphic information content was 0.6523. In this study markers mTcCIR6, mTcCIR25, mTcCIR26 and mTcCIR12 are the most informative and polymorphic ones. It is recommended to relate the genetic diversity results with morpho-agronomic and pathogenicity characters in the different cacao clones in order to consolidate efficient strategies for disease improvement and control.